An der neu gegründeten Berner Hochschule (Universität) waren von 1834 bis 1861 Wilhelm Rau und von 1861 bis 1866 Karl Wilhelm von Zehender die ersten Dozenten der Augenheilkunde. Beide sahen ihre Patienten in der Poliklinik im alten Inselspital, an der Stelle des heutigen Bundeshauses Ost. Die erste Berner Augenklinik mit Henri Dor als Ordinarius und Direktor wurde 1867 im Haus der Staatsapotheke an der Inselgasse eröffnet. Unter Ernst Pflüger (ab 1867), der sich mit Sehproben, einem Perimeter und Forschungen zum Glaukom einen Namen machte, zog die Klinik zweimal um. Das erst Mal 1878 ins benachbarte Kleine Amtshaus und dann 1884 mit dem gesamten Inselspital aus der Innenstadt weg an den heutigen Standort.

Auf Siegrist folgte 1935 Prof. Hans Goldmann, der die Klinik bis 1968 leitete. Von 1945 bis 1947 war er Dekan der Medizinischen Fakultät. 1964/1965 war er Rektor der Universität Bern. 1968 wurde er emeritiert. Goldmanns grundlegende Forschungsarbeiten über die Pathophysiologie des Sehens, über das Glaukom und viele andere Aspekte der Ophthalmologie sicherten ihm und damit der Universitätsklinik für Augenheilkunde einen hohen internationalen Ruf. Unter Goldmann wurde die wissenschaftliche Basis für die von der Firma Haag-Streit in Bern übernommene Entwicklung von ophthalmologischen Untersuchungsgeräten wie dem Goldmann-Perimeter und dem Applanationstonometer erarbeitet. Zudem hat er zahlreiche Instrumente und Untersuchungsmethoden wie das Dreispiegelkontaktglas entwickelt. Neben der Entwicklung von Apparaten leistete er wichtige Beiträge zum Verständnis des Grünen Stars und des Grauen Stars.
Sein Name ist zusammen mit Maurice Favre (1876–1954) verbunden mit dem Goldmann-Favre-Syndrom. Zudem hat er die bis heute bestehende  «Hans-Goldmann-Stiftung» für Orthoptik gegründet. Diese hat zum Ziel den Weiterbestand und den Weiterausbau der von Prof Goldmann im Jahre 1942 gegründeten Sehschule (Orthoptik und Pleoptik) zu sichern.
 
Goldmann beklagte sich während seiner klinischen Visiten häufig über die schlechte Qualität der statischen Perimetrie. Dies war unter anderem Gründe für Professor Fankhausers Arbeiten über die Physiologie des Sehens im Zusammenhang mit der Perimetrie. Diese begannen in Bern, als er als Assistenzarzt und später als Oberarzt unter Hans Goldmann arbeitete. In Zusammenarbeit mit einer Reihe von begabten Physikern wie Alfred Rouiller und Jürg Spahr automatisierte Fankhauser die statische Perimetrie mit dem Octopus-Perimeter, das 1974 auf den Markt kam. Umfangreiche psychophysische Studien der Arbeitsgruppe Fankhauser führten zu innovativen Entwicklungen für die Perimetrie – das Berner Perimeter «Octopus» wird heute weltweit zur Gesichtsfeldprüfung eingesetzt und von der Firma Haag Streit hergestellt. Prof. F. Fankhauser und seine MitarbeiterInnen setzten in der Erforschung klinischer Anwendungen von Lasertechnologien international anerkannte Schwerpunkte. Beispielhaft sei hier die Einführung des Nd:Yag-Lasers in Zusammenarbeit mit der Firma Lasag für Behandlungen im vorderen Augenabschnitt genannt.

Unter Prof. P. Niesels Ordinariat (1968 – 1988) wurden viele Neuerungen eingeführt. Die Glaskörperchirurgie (Vitrektomie) wurde 1973 in die Ophthalmologie eingeführt. 1976 wurden die ersten Glaskörperoperationen in Bern vorgenommen. Die in Bern traditionelle biomikroskopische Diagnostik von Netzhaut- und Glaskörperpathologien wurde von Prof. G. Eisner in der Weiterbildung, Lehre und Forschung vertreten und weiter ausgebaut. Prof. F. Körner (1988- 2005) setzte mit  der modernen vitreoretinalen Chirurgie, der Behandlung der diabetischen Retinopathie, Diagnostik und Therapie entzündlicher Augenerkrankungen sowie klinischen Analysen zur Frühgeborenenretinopathie Schwerpunkte in der Dienstleitung und der klinischen und experimentellen Forschung der Universitätsklinik für Augenheilkunde. Nach dem die Infrastruktur in den beiden Operationssälen des Klinikaltbaus nicht mehr ausreichten, konnte 1995 ein neuer Operationstrakt mit 2 modernen Sälen in Betrieb genommen werden.