Les premiers professeurs d'ophtalmologie à la nouvelle Université de Berne furent Wilhelm Rau de 1834 à 1861 et Karl Wilhelm von Zehender de 1861 à 1866. Tous deux voyaient leurs patients à la polyclinique de l'ancien Hôpital de l'Île, à l'emplacement de l'actuel Palais Fédéral Est. La première clinique ophtalmologique bernoise, avec Henri Dor comme professeur titulaire et directeur, a ouvert ses portes en 1867 dans la maison de la pharmacie d'État à la Inselgasse. Sous Ernst Pflüger, directeur à partir de 1867, réputé pour des tests visuels, un périmètre et des recherches sur le glaucome, la clinique a déménagé deux fois. La première fois en 1878, elle s'installa dans le Kleine Amtshaus voisin, puis en 1884, elle quitta le centre-ville avec l'ensemble de l'Hôpital de l'Île pour s'installer à son emplacement actuel.

Le professeur Hans Goldmann a succédé à Siegrist en 1935 et a dirigé la clinique jusqu'en 1968. De 1945 à 1947, il a été doyen de la faculté de médecine. En 1964/1965, il a été recteur de l'Université de Berne. Il a pris sa retraite en 1968. Les travaux de recherche fondamentaux de Goldmann sur la physiopathologie de la vision, sur le glaucome et sur de nombreux autres aspects de l'ophtalmologie lui ont assuré, et par conséquent à la clinique universitaire d'ophtalmologie, une grande réputation internationale. C'est sous la direction de Goldmann qu'ont été élaborées les bases scientifiques pour le développement d'appareils d'examen ophtalmologique tels que le périmètre de Goldmann et le tonomètre à aplanation, repris par la société Haag-Streit à Berne. Il a en outre développé de nombreux instruments et méthodes d'examen comme le verre de contact à trois miroirs. Outre le développement d'appareils, il a apporté d'importantes contributions à la compréhension du glaucome et de la cataracte.
Son nom est associé, avec celui de Maurice Favre (1876-1954), au syndrome de Goldmann-Favre. Il a en outre créé la "Fondation Hans Goldmann" pour l'orthoptique, qui existe toujours. Celle-ci a pour but d'assurer la pérennité et le développement du service basse vision (orthoptique et pléoptique) fondée par le professeur Goldmann en 1942.
 
Lors de ses visites cliniques, Goldmann se plaignait souvent de la mauvaise qualité de la périmétrie statique. C'est entre autres ce qui a motivé les travaux du professeur Fankhauser sur la physiologie de la vision en rapport avec la périmétrie. Ceux-ci ont débuté à Berne, alors qu'il travaillait comme médecin assistant puis comme chef de clinique sous la direction de Hans Goldmann. En collaboration avec un certain nombre de physiciens talentueux tels qu'Alfred Rouiller et Jürg Spahr, Fankhauser a automatisé la périmétrie statique avec le périmètre Octopus, qui a été mis sur le marché en 1974. De vastes études psychophysiques menées par le groupe de travail Fankhauser ont conduit à des développements innovants pour la périmétrie - le périmètre bernois "Octopus" est aujourd'hui utilisé dans le monde entier pour le contrôle du champ visuel et est fabriqué par la société Haag Streit. Le professeur F. Fankhauser et ses collaborateurs ont déterminé des axes internationalement reconnues dans la recherche d'applications cliniques des technologies laser. Citons par exemple l'introduction du laser Nd:Yag en collaboration avec la société Lasag pour les traitements du segment antérieur de l'œil.

Sous le mandat du professeur P. Niesel (1968 - 1988), de nombreuses innovations ont été introduites. La chirurgie du corps vitré (vitrectomie) a été introduite en ophtalmologie en 1973. En 1976, les premières opérations du corps vitré ont été pratiquées à Berne. La longue tradition du diagnostic biomicroscopique des pathologies de la rétine et du vitré, traditionnel à Berne, continuait à être développé par le professeur G. Eisner dans la formation continue, l'enseignement et la recherche. Le professeur F. Körner (1988-2005) a lui mis l'accent sur la chirurgie vitréorétinienne moderne, le traitement de la rétinopathie diabétique, le diagnostic et le traitement des maladies oculaires inflammatoires ainsi que sur les analyses cliniques de la rétinopathie des prématurés dans la gestion des services et la recherche clinique et expérimentale de la clinique universitaire d'ophtalmologie. Après que l'infrastructure des deux salles d'opération de l'ancien bâtiment de la clinique ne fut plus suffisante, un nouveau bloc opératoire avec deux salles modernes a pu être mis en service en 1995.